これだけWordPressを使い倒して色々な事をしている私が言うのも変ですが、カスタマイズというのはあまりしない方がいいです。
好みのデザインになるまでテーマをカスタマイズ
プラグインのここの部分をカスタマイズ
という部分にこだわりをみせる人がいますが、テーマもプラグインも提供される機能そのままに使った方がいいです。カスタマイズを加えると、アップデートで、あるいは放置でも、いつか壊れます。問題が生じます。
私は色々なことをしていますが、テーマやプラグイン自体にカスタマイズは加えず、組み合わせや使い方の工夫により色々な見せ方をしているに過ぎません。だからカスタマイズ案件はなるべく断っています。別の方に相談してくださいと言っています。
カスタマイズは更新に対応していませんし、動作保証もしていません。
いつか障害が生じます。
そして、どんなにデザインや機能をカスタマイズしたところで、そこをGoogleはみていません。SEOの対象ではありません。
その強いこだわりは自分だけのもので世間は気にしていない部分だとおもわれます。
サイトを作ることが芸術や自己満足であるならば、カスタマイズに凝るのは問題ありませんが、成果を出す手段であるならば、そこは重要ではありません。テーマもプラグインも提供される機能そのままに使うべきです。
というのが私の経験則です。